学校知网查重查了三小时可能是由于多种因素造成的。首先，查重软件的运行速度可能受到影响，如果文本较长或者服务器负荷较重，就会导致查重时间较长。其次，文本的相似度较高也会增加查重的时间，因为系统需要更多的时间来比对每个字词的相似度。此外，查重过程中可能会遇到网络延迟或者软件bug等问题，也会导致查重时间延长。总的来说，学校知网查重查了三小时的原因可能是软件性能、文本特点或者系统问题等多方面因素综合作用的结果。

学校知网查重查了三小时可能是因为系统在处理大量文本时需要耗费较长的时间。查重软件需要逐字逐句地比对文本内容，尤其是在处理大篇幅的论文或资料时，耗时会更长。此外，查重软件的运行环境、服务器负荷等因素也会影响到查重速度。另外，如果文本中存在大量引用内容或者参考资料，也会增加查重的时间。综上所述，学校知网查重查了三小时可能是由于文本量大、系统性能等多种因素综合影响所致。