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处理知网查重脚注跑到正文里的问题需要仔细审查论文格式。可以尝试调整脚注的格式设置，确保脚注与正文之间有明显的区分。另外，检查文档排版是否存在错误，及时纠正。如果问题持续存在，建议参考知网相关指南或寻求专业人士帮助。保持文献整洁规范对于学术写作至关重要。